食用天然色素，指的是来源于矿物、植物、动物的着色剂。尤其是本身就是来自于食品的，安全性好，也能提供营养。像β–胡萝卜素、花生衣红、桑葚红，本身就是可以作为营养物质。像广西地区的五彩糯米饭，就是使用红兰草、黄饭花、枫叶、紫蕃藤，用这些植物的汁浸泡糯米，做成红、黄、黑、紫、白五色糯米饭。同样为五色糯米饭，贵州的色素选择和广西也有区别，具体都是根据当地特产制备。在日常生活中，也有利用食物源色素的应用，比如煮过紫薯的水在不同酸碱度下呈现不同颜色，就可以通过添加食醋、小苏打来开发出蓝色、紫色、粉红色的用途。为了保证安全，食品工业用的天然色素宜用物理方法，比如碾压等工艺制备，如必须用到化学方法，也要保证原料复合食品要求。当然并非所有天然色素都没有毒性，像藤黄色素来源于植物，对人体有害。稍微一点就能让人拉稀到虚脱，以至于当年负责粉碎藤黄的工人，每隔一小时就得去厕所排便一次，当然这个是不适合用于食品加工的。所以对于食品色素，有无毒性是第一评判因素，像毛地黄的花，就属于有毒不适合使用的种类。天然来源的色素，因为有营养物质，所以很多并不适合长期储存，更多的属于临用现制。而且不同批次之间可能也有色泽强弱差异，除非不稀释不勾兑，直接用植物原液，但这会增加成本。而且植物性色素，也可能会有季节性的色素匮乏交替问题。利用冻干工艺可以保证避免季节原因，但成本要比化学合成高。不排除前期会有食品行业因为一时找不到适合的原料而停产，或者出现不同批次之间色泽不均衡。这种对天然的喜好，随着全球贸易，会最终影响到整个世界格局，毕竟同一生产线，即使去对不同区域产品使用不同来源的色素，管线上的色素残留也可能影响最终的成品中残留量。一旦检出，很容易被监管方认为是有意添加而导致打款或者货物召回。除了食品行业，制药业也会用到色素，像日落黄、叶绿素、赤藓红等等。但本次并不涉及到制药业，毕竟药品不如食品影响度大，且药品原料的更换程序非常繁琐，很容易出现药品断供等事件。
